Başkanlığımızın tarihi, Üniversitemiz ile birlikte kurulan ve Maliye Bakanlığına bağlı Afyon Kocatepe Üniversitesi Bütçe Dairesi Başkanlığı’nın kuruluşu olan 1992 yılına dayanmaktadır. 24/12/2005 tarih ve 26033 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 5436 sayılı Kamu Malî Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında Kanunun ile Afyon Kocatepe Üniversitesi Bütçe Dairesi Başkanlığı kaldırılmış ve Kanunda ve ilgili diğer mevzuatlarda belirtilen görevleri yerine getirmek üzere 01.01.2006 tarihinde Afyon Kocatepe Üniversitesi Strateji Geliştirme Daire Başkanlığı kurulmuştur. Başkanlığımız, Ahmet Necdet Sezer Kampüsünde yer alan Rektörlük Binası C Blok 2. ve 3. katlarında hizmetlerine devam etmektedir.
Kapatılan Bütçe Dairesi Başkanlığında Başkan Vekili olarak görev yapan Ahmet ERKAN, 15.02.2006 tarihinde Strateji Geliştirme Daire Başkanı olarak atanmış ve hâlen bu görevini yürütmektedir. 5436 sayılı Kanun ile kapatılan Afyon Kocatepe Üniversitesi Bütçe Dairesi Başkanlığı çalışanları, kuruluş çalışmalarında yardımcı olmak üzere 31.12.2006 tarihine kadar Başkanlığımızda görevlendirilmişlerdir. Ayrıca Üniversitemiz İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı tarafından yürütülmekte iken Başkanlığımıza verilen bütçe hazırlama ile ilgili işlerde görevli personel, kuruluş çalışmalarında yardımcı olmak üzere Rektör tarafından 2007 yılının sonuna kadar Başkanlığımıza görevlendirilmiştir.
Başkanlığımız, ilgili kanun ve yönetmelikler doğrultusunda İç Kontrol Şube Müdürlüğü, Strateji Şube Müdürlüğü, Bütçe Şube Müdürlüğü, Muhasebe Şube Müdürlüğü ve İdari İşler Şube Müdürlüğü olmak üzere toplam beş şube müdürlüğü olacak şekilde teşkilatlanmıştır. Başkanlığımızda yalnızca Strateji Şube Müdürlüğü vekâleten yürütülmektedir. Başkanlığımızda görevli personel, verilen iş ve işlemleri zamanında, mevzuata uygun, en etkili, ekonomik ve verimli mekanizmaları işletecek şekilde yürütmeye gayret etmektedir.